7.3 数据历史 EMP_history

本模块可以提取EasyMultiProfiler分析流程中任一结果的历史处理记录，方便用户追溯已经完成的数据分析流程。

注意：
由于官方管道符|>是显式传递，会导致追溯功能混杂。如需本功能，建议使用%>%传递。

7.3.1 追溯单组学项目数据分析的历史记录

library(magrittr)
k1 <- MAE %>% 
  EMP_assay_extract('geno_ko') %>% 
  EMP_filter(Region == 'Paris') %>%
  EMP_diff_analysis(method = 'DESeq2',.formula = ~Group) %>%
  EMP_enrich_analysis(pvalue < 0.05,keyType = 'ko')
k1 %>% EMP_history()

7.3.2 追溯多组学项目数据分析的历史记录

library(magrittr)
k1 <- MAE %>%
  EMP_assay_extract('taxonomy') %>%
  EMP_collapse(estimate_group = 'Genus',collapse_by = 'row') %>%
  EMP_diff_analysis(method='DESeq2', .formula = ~Group) %>%
  EMP_filter(feature_condition = pvalue<0.05)

k2 <- MAE %>%
  EMP_collapse(experiment = 'untarget_metabol',na_string=c('NA','null','','-'),
               estimate_group = 'MS2kegg',method = 'sum',collapse_by = 'row') %>%
  EMP_diff_analysis(method='DESeq2', .formula = ~Group) %>%
  EMP_filter(feature_condition = pvalue<0.05 & abs(fold_change) > 1.5)

#For two experinemnts 
p1 <- (k1 + k2) %>% EMP_cor_analysis(method = 'spearman') %>%
  EMP_heatmap_plot() ## Visualization

p1 %>% EMP_history()

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